Diferenças entre o mangá e o anime

Como acontece em quase todos os animes existem alguns episódios extras na história. Alguns episódios como o arco de Akitoki Houjo (o antepassado de Houjou) e Tsukyiomi e Hoshiyomi são exclusivos do anime, que parou no episódio 167, em meio a produção do mangá. Dentre as diferenças, pode-se destacar:

Cenas mudadas - o capítulo 33 do anime possui muitas diferenças em relação ao mangá. Nesse capítulo, os personagens caem em armadilhas preparadas por Narak que os fazem ter pesadelos. No anime, Inuyasha vê uma Kikyou fria, com ódio por ele, que o mata. Já no mangá, a Kikyou que Inuyasha vê não sente só ódio, mas também muita dor pela suposta traição do amado (ela até chora); ela atira a flecha nele e depois o abraça, dizendo que morrerá com ele. Ainda no mangá, Inuyasha não vê Kagome em seu pesadelo, e em suas meditações pensa sobre a dor que ele sentiu naquele dia.
A Pérola Negra — No anime, Sesshomaru retira a Pérola Negra (jóia que serve de entrada para o túmulo de Inutaysho, o pai de ambos) do olho de InuYasha através de raios luminosos. No mangá, ele enfia as garras no olho e arranca a pérola. Aliás, nessa primeira aparição no mangá, Sesshomaru sorri quase o tempo todo, fato suprimido no anime; afinal, nem no mangá ele continuou desse jeito.
Toukaijin e Nimenka — A história do temível asceta Toukaijin e sua árvore youkai Nimenka, no mangá, aparece logo no início, pouco depois de Miroku integrar a turma (ou seja, quando Sango ainda não aparecera). No anime, esta história só apareceu muito mais tarde, após a batalha contra Ryukossei. Para justificar a ausência de Sango, foi criado um episódio em que o Hiraikotsu (Osso Voador) racha, e Sango vai consertá-lo no seu vilarejo natal. Nisso surge Toukaijin.
Tsubaki, a Dama de Ferro — A sacerdotisa das sombras Tsubaki sempre nutriu um ódio e uma inveja muito fortes com relação à Kikyou. Naraku se aproveita disso para usá-la, prometendo entregar-lhe a Jóia de Quatro Almas. Tsubaki, então, amaldiçoa Kagome. No mangá, logo após ser derrotada por InuYasha, Tsubaki é traída por Naraku e perde a jóia. No anime, Naraku é generoso, e a deixa contra-atacar. Tsubaki chega a absorver um poderoso demônio para enfrentar seus inimigos. Mas acaba sendo destruída pela Bakuryuuha (Onda Explosiva). Ao contrário do que o mangá sugere, Tsubaki, portanto, morre no anime.
O amor está no ar — A segunda (que vai dos episódios 35 à 64) e a terceira (que vai dos episódios 65 à 95) fases de InuYasha abusaram das histórias novas. Tudo para não alcançar o mangá. Nessa fase, os produtores do desenho criaram uma série de histórias amorosas com vários personagens: Shippo com Souten, uma garota orfão que espera seu irmão já falecido voltar da guerra; Sango e um jovem senhor feudal; Miroku e mulheres youkais misteriosas (mais de uma); Kouga e Ayame; e até namoricos de personagens secundários, como Souta e o velho Myouga.
Guerras e jóias piratas — Uma das maiores histórias extras dessa segunda temporada é a da guerra dos gatos de fogo. No passado, uma tribo de youkais gatos, denominados "de fogo", invadiram os territórios do oeste, do pai de InuYasha. Inu-no-Taichou ("O Capitão dos Cães"; Pai de Inuyasha e Sesshoumaru) matou o Oyakata-sama ("grande líder") dos gatos, e eles recuaram. Mais tarde voltaram, e Sesshomaru os enfrentou sozinho (InuYasha estava lacrado). Nessa terceira tentativa, os gatos sequestram Kagome. InuYasha, Sesshomaru e Kouga acabam entrando na batalha, que é decidida com a derrota definitiva de Oyakata, através da combinação de poderes da Tessaiga e Tenseiga. Mais adiante, antes do Exército dos Sete aparecer, em outra história extra, surgem falsas Jóias de Quatro Almas, criadas por youkais que desejam obtê-la. A história apresenta um novo meio-youkai, o monge Izumo, um meio humano, meio minotauro.
Entei e seu mestre — Enquanto no mangá Entei surge com pouco alarde, no anime sua aparição foi inflada através de Rengokuki (Guardião do Purgatório, na dublagem brasileira), o seu mestre original, que Hakudoushi mata facilmente.
Eles ganharam nome! — Alguns personagens do mangá, ao passarem para o anime, ganharam nomes. Foi o caso dos lobos companheiros de Kouga, Ginta e Hakkaku, e de Aun (Arurun, na dublagem brasileira) o dragão de duas cabeças de Sesshoumaru.
Cadê a cena?! — No episódio sobre o renascimento da Kikyou, a história do anime termina com a Kikyou caindo do penhasco e InuYasha arrasado. No mangá ela continua mostrando InuYasha arrasado pela morte de Kikyou, mas ao ver Kagome ainda caida fica preocupado com ela. Quando ele percebe que ela está bem fica feliz e se pergunta como o sorriso da Kagome pode fazê-lo se sentir bem e aliviado, apesar de tudo o que aconteceu a Kikyou.
Tranqüila e feliz - No capítulo do mangá equivalente ao episódio 47 do anime, após salvar Kikyou, Inuyasha aparece abraçado com ela o tempo inteiro. Kikyou está tranqüila, até feliz, e em nenhum momento mostra-se agressiva com ele.
Uma cena cortada pelo anime no episódio 23, "A voz de Kagome e o beijo de Kikyou" - No anime, após Kagome ver InuYasha e Kikyou juntos, ela fica furiosa resolve voltar para era dela e pula no poço, enquanto o InuYasha comenta que gostaria de ficar com as duas (Kikyou e Kagome). Kagome, ouvindo isso, diz "Senta". No mangá aconteceu diferente: Após Kagome ver InuYasha e Kikyou juntos, ela fica furiosa resolve voltar para a era dela, no entanto ela fica meio perdida e começa a caminhar em círculos, sempre sendo seguida por InuYasha, que, cansado daquela situação, pede que ela converse com ele. Na conversa InuYasha fala o que sente em relação a cada uma delas.